Pour Midi-Pyrénées, il est composé de membres de droit que sont les représentants des antennes thématiques, les Groupes chiroptères et Invertébrés de Midi-Pyrénées, le Conservatoire d’espaces naturels de l’Ariège, un représentant du personnel et la présidente du Conseil scientifique. S’y ajoutent des membres élus, personnes physiques ou morales. Dans ce dernier cas, la structure est élue via un représentant physique. La composition du conseil issu de la dernière assemblée générale est la suivante (modifié au CA du 10/07/2019) :